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Small RNA 測(cè)序
技術(shù)簡(jiǎn)介
Small RNA是體內(nèi)一種重要的調(diào)節(jié)分子，主要包括microRNA、siRNA（small interfering RNA）、piRNA（piwi-interacting RNA）三類。 其主要功能是誘導(dǎo)基因沉默，參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等，從而控制細(xì)胞生長(zhǎng)和分化、個(gè)體發(fā)育等生物學(xué)過程。Small RNA測(cè)序采用膠分離手段，收集樣品中 18-30nt 的 RNA 片段，基于高通量測(cè)序平臺(tái)，研究特定組織在特定狀態(tài)下的所有已知 Small RNA，也可發(fā)現(xiàn)物種或組織特異 Small RNA 并預(yù)測(cè)其靶基因，為研究 Small RNA 的功能及基因調(diào)控機(jī)制提供了有力工具。
技術(shù)路線
送樣建議
濃度 (Qubit) | 總量 | 完整性及純度 | |
植物/真菌Total RNA | ≥50 ng/μL | ≥3 μg | RIN≥7.5，28S/18S≥1.3；基線平整，5S峰正常；無DNA，蛋白，鹽離子等污染 |
動(dòng)物Total RNA | RIN≥8.0，28S/18S≥1.5；基線平整，5S峰正常；無DNA，蛋白，鹽離子等污染 | ||
原核生物 Total RNA | ≥50 ng/μL | ≥3 μg | RIN≥8.0，28S/18S≥1.5；基線平整，5S峰正常；無DNA，蛋白，鹽離子等污染 |
技術(shù)參數(shù)
測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | |
Small RNA測(cè)序 | HiSeq2500 SE50 | 10~20M data | 45 個(gè)工作日 |
案例分析
Small RNA 測(cè)序揭示三七根部發(fā)育過程中miRNA表達(dá)變化圖譜[1]
研究背景
三七中的三萜皂苷被認(rèn)為是其發(fā)揮藥效的主要生物活性物質(zhì)，該物質(zhì)的生物合成以及調(diào)節(jié)機(jī)制尚不清楚。
研究目的
通過 Small RNA 測(cè)序技術(shù)，探索三萜皂苷的生物合成及其調(diào)節(jié)機(jī)制。
研究結(jié)果
本文從1齡、2齡、3齡生的三七植株根部提取RNA， 構(gòu)建3個(gè) Small RNA 文庫(kù)，利用高通量測(cè)序技術(shù)，研究了不同時(shí)期的miRNAs，構(gòu)建了首個(gè)三七根部發(fā)育的 miRNA 圖譜，并通過差異分析，找到了與萜類化合物生物合成相關(guān)的基因，促進(jìn)了對(duì)三七根部皂苷類物質(zhì)的 miRNA 調(diào)節(jié)機(jī)制研究。
圖1. 三七中miRNAs靶向聚類及其分布
參考文獻(xiàn)
[1]. Wei, R. et al. Identification of novel and conserved microRNAs in Panax notoginseng roots by high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2015, 16:835, doi:10.1186/s12864-015-2010-6.
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