宏轉錄組測序
技術簡介
宏轉錄組 (Metatranscriptomics) 是指從整體水平上研究某一特定環(huán)境，特定時期群體生命全部基因組轉錄情況以及轉錄調控規(guī)律，它以生態(tài)環(huán)境中的全部 RNA 為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。相較于宏基因組，宏轉錄組能從轉錄水平研究復雜微生物群落變化，能更好的挖掘潛在的新基因。
技術路線
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 完整性 |
| ≥100ng/μL | ≥50μL | ≥5μg | RNA無降解, 無基因組污染，無蛋白和雜質污染,OD260/280≥1.8，23S/16S≥1,RIN≥6 |
技術參數
| 宏轉錄組測序 | 測序策略 | 數據量 | 周期 |
HiSeq/NovaSeq PE150 | 5~10Gb data | 60個自然日 |
案例分析
宏轉錄組揭示浮游植物與海洋細菌之間的相互作用[1]
研究背景
遍布世界海洋、結構復雜的單細胞藻類——硅藻會在一種細菌存在時以更快的速度生長，這一細菌能夠釋放一種已知的可以加速陸地植物生長的激素。
研究目的
通過宏轉錄組和代謝組學探索這一現(xiàn)象發(fā)生機制。
研究結果
研究證實這些細菌與硅藻發(fā)生物質交換，轉而生成了一種由生活在陸地植物根部周圍的微生物生成的激素，進而促使硅藻生長加速。
圖1.多菌體的進化系統(tǒng)
參考文獻
[1]. Amin, S. A. et al.. Interaction and signalling between a cosmopolitan phytoplankton and associated bacteria. Nature 522, 98-101, doi:10.1038/nature14488 (2015).
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