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真菌基因組 de novo 測(cè)序
技術(shù)簡(jiǎn)介
真菌基因組通常較大且復(fù)雜，隨著高通量測(cè)序技術(shù)的成熟，其通量高、準(zhǔn)確率高、周期短的特點(diǎn)為真菌研究提供了強(qiáng)有力的支撐。真菌 de novo 測(cè)序主要應(yīng)用于基于基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育和進(jìn)化研究，研究真菌的生存機(jī)制，包括腐生、共生和寄生等，研究次級(jí)代謝產(chǎn)物的合成途徑，分析藥用活性物質(zhì)及與真菌毒素代謝相關(guān)的基因。
技術(shù)路線
送樣建議
| 文庫(kù)類型 | 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| DNA 小片段文庫(kù) (<800bp) | ≥50 ng/μL | ≥30 μL | ≥1.5 μg | DNA 無(wú)降解 |
| DNA MP 文庫(kù) (2Kp) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
| DNA MP 文庫(kù) (5-6K) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
| DNA MP 文庫(kù) (10K) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
技術(shù)參數(shù)
| 文庫(kù)類型 | 測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
| 真菌 Survey | 300bp 小片段文庫(kù)，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 45 個(gè)自然日 |
| 真菌框架圖 | 300bp 小片段文庫(kù)，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 60 個(gè)自然日 |
| 真菌精細(xì)圖 | 270bp 小片段文庫(kù)，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 90 個(gè)自然日 （包括 Survey 周期） |
| 2K+5K 大片段文庫(kù)，HiSeq/NovaSeq PE150 | |||
| 2K+5K+10K 大片段文庫(kù)，HiSeq/NovaSeq PE150 （基因組>100M） |
案例分析
de novo 測(cè)序闡述菌根真菌的生活進(jìn)化史[1]
研究背景
菌根真菌與植物之間建立相互有利、互為條件的生理整體，并各有形態(tài)特征，這是真核生物之間實(shí)現(xiàn)共生關(guān)系的典型代表。
研究目的
通過 de novo測(cè)序闡述菌根真菌的生活進(jìn)化史。
研究結(jié)果
對(duì)13個(gè)外生菌根、蘭花以及石南屬植物，外加五個(gè)腐生菌進(jìn)行了測(cè)序。與其他的腐生菌相比，外生菌根菌編碼降解細(xì)胞壁的基因的組成較少，但是保留了降解細(xì)胞壁基因，這也就說明了他們具有降解木質(zhì)素的能力。在共生體內(nèi)，這些非同源的基因被誘導(dǎo)，編碼分泌型效應(yīng)蛋白，菌根真菌通過共生的工具包（減少降解細(xì)胞壁基因和菌根誘導(dǎo)基因的系列特異性單元）達(dá)到趨同進(jìn)化。
圖1. 菌根共生體的進(jìn)化
參考文獻(xiàn)
[1]. Kohler, A. et al. Convergent losses of decay mechanisms and rapid turnover of symbiosis genes in mycorrhizal mutualists. Nat Genet 47, 410-415, doi:10.1038/ng.3223 (2015).
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